El presupuesto de funcionamiento de la Sindicatura de Cuentas de Castilla-la Mancha es aprobado anualmente por las Cortes Regionales. Forma parte de los Presupuestos Generales de la Junta de Comunidades y dentro de su división orgánica y programática, la Sindicatura de Cuentas está consignada como la sección 03, a la que corresponde la ejecución del programa "Control externo del sector público".
El presupuesto está compuesto por una memoria de la sección, los objetivos, actividades e indicadores del programa y los estados de ingresos y gastos.